Coronavirus

Comprendre le Coronavirus

En Décembre 2019 un nouveau CORONAVIRUS a été découvert dans la région de Wuhan en CHINE.

L’essentiel à savoir sur la Covid-19

On retrouve 3 types de CORONAVIRUS :

  • SARS 2003 : Severe Acute Respiratory Syndrome transmis à partir de la chauve souris puis la civette et l’homme avec 9,6% de décès dans le monde.
  • MERS en 2012 : Middle-est Coronavirs Syndrome  transmis de la chauve souris puis du dromadaire puis à l’homme : 34% de mort.
  • COVID 19 : transmis de la chauve souris au pangolin puis à l’homme : 4,7% de décès.

Origine épidémiologique mondiale : d’où vient le virus ?

Après une flambée en Chine au début d’année 2020, la situation épidémique a évolué avec l’intensification de nouveaux foyers en Corée du Sud, au Japon, et à Singapour, en Iran et en Italie. Dans ces pays, on assiste alors à une diffusion communautaire, sans lien identifié avec des cas importés de Chine.

A partir du 10 mars 2020, tous les pays de l’Union européenne ont été touchés par la Covid-19. Elle sera qualifiée de PANDEMIE à partir du 11 mars.

Le 14 mars 2020, à minuit, la France entre en “stade 3” d’épidémie active sur le territoire avec la mise en place d’un dispositif de confinement de la population pour réduire à leur plus strict minimum les contacts et les déplacements. Les magasins alimentaires, pharmacies, banques, bureaux de tabac, stations-essence restent ouverts et achalandés.

Le 16 mars 2020, l’OMS dénombre presqu’autant de cas en Chine qu’hors de Chine : 165 515 cas confirmés dans le monde, dont 81 077 en Chine et 86 438 hors de Chine (dans 143 pays différents). Et 3 218 décès en Chine et 3 388 hors de Chine. 

Le 7 avril 2020, la Chine enregistre pour la première fois zéro décès sur 24 heures (source OMS).  Près de 11 millions de Wuhanais et de visiteurs étaient confinés dans l’épicentre de l’épidémie due au coronavirus depuis soixante-seize jours.

Le 17 avril, en Chine, le nombre de décès attribués à la Covid-19 grimpe de près de 50 %, passant de 2 579 à 3 869. Les autorités chinoises évoquent des problèmes de remontées d’informations et aussi des malades parfois non testés ou non pris en charge par les hôpitaux avant le 20 février.

Le 04 mai 2020, selon l’OMS, on dénombre 3 435 894 cas confirmés de la Covid-19, et 239 604 décès dans le monde.

Le 4 mai 2020, en France, selon l’agence nationale Santé publique France**, on dénombre 131 863 cas confirmés, 25 548 personnes hospitalisées dont 3 696 en réanimation, et 25 201 décès.

Au 4 janvier 2021, selon Santé Publique France, la France comptait 2 659 750 cas confirmés depuis le début de l’épidémie, 7 490 nouvelles hospitalisations sur les 7 derniers jours et 65 415 décès.

Au 4 janvier 2021, on comptait plus de 85 millions de cas confirmés et 1 845 408 décès. Les Etats-Unis, l’Inde et le Brésil sont les plus touchés par la pandémie en nombre de morts.

De quoi s’agit-il ?

Physiopathologie

Le mécanisme principal se caractérise par une fixation du virus au niveau des alvéoles. Le pathogène attaque préférentiellement les pneumocytes de type 2 via l’Enzyme de conversion (ECA).

L’entrée dans le pneumocyte (cellule cible) entraine la fixation à l’ADN viral à celui son hôte entrainant la production de nouvelles protéines du COVID qui vont s’accumuler dans la cellule et la faire exploser.

Ceci entraine la libération de cytokinique après destruction cellulaire avec création d’une réaction inflammatoire. Les médiateurs inflammatoires vont venir endommager l’endothélium pulmonaire entrainant l’afflux d’eau à l’intérieur du poumon : un oedeme pulmonaire est créé.

Cet oedeme est la cause de collapsus alvéolaire et par conséquent, de la diminution des échanges alvéolaires traduit par une dyspnée. La réaction inflammatoire peut atteindre plusieurs organes vitaux : le cœur, le foie, les reins. Ceci permet une généralisation de l’infection avec l’apparition d’un sepsis voir d’un choc septique.

Le sepsis se caractérise par une réponse inappropriée de l’hôte envers une infection entraînant une dysfonction d’organes. Il est retenu si le score SOFA (Sepsis-related Organ Failure Assesment) atteint 2. Chaque atteinte d’organe fait gagner un point au score.

Le score SOFA repose sur des paramètres cliniques et biologiques explorant les fonctions rénale, respiratoire, neurologique, cardiovasculaire et hépatique, et l’hémostase.

Les détails cliniques de la maladie

La transmission s’effectue par « transmission gouttelettes », pouvant être aérosolisées d’où la nécessité du port d’un masque FFP2 en cas de geste médical sur un patient COVID positif ou lorsqu’un patient est sous appareil respiratoire.

L’incubation est en moyenne de 5,2 jours.

Classification de la sévérité :

  1. 81% : asymptomatique ou légère pneumonie
  2. 14% dyspnée hypoxie
  3. 5% critique
  4. 2à 3 % sont décédés.

Il est difficile de calculer le taux de létalité car aujourd’hui le dénominateur ne peut être calculé. Ce nombre reste approximatif.

Coronavirus :  graphique de la situation dans le monde
Schéma expliquant l’évolution de la contamination au COVID 19 selon les régions depuis décembre 2019.

Les signes cliniques :

  • Fièvre 89 % des cas
  • Toux 68 % des cas
  • Fatigue 38 % des cas
  • Dyspnée 19 % des cas
  • Arthromyalgies 15 %
  • Odynophagie 14 %
  • Céphalées 14 %
  • Diarrhées, douleurs abdominales 10 %

L’un des signes les plus fréquents est marqué par l’Anosmie, présent dans 30 à 70% des patients selon les études. Il précède les autres symptômes dans 15% des cas.

Des lésions urticariennes, chez les patients COVID + sont observées par les dermatologues en consultation dans des échantillons de patients non hospitalisés. Un biais de sélection est noté. Les patients ne sont pas contrôlés systématiquement et peuvent être des faux négatifs. En d’autres termes, les patients peuvent se dire infectés par le virus sans pour autant avoir été contrôlés. Ceci peut fausser les statistiques.

Diagnostics différentiels :

Des diagnostics différentiels doivent être éliminés : la dengue et la leptospirose et surtout les pneumopathie pouvant présenter des symptômes en commun.

Les facteurs de risque :

  • Obésité +++
  • Maladie cardiovasculaire.
  • Pathologie pulmonaire parenchymateuse.
  • Diabète déséquilibré.
  • Comorbidités multiples.

Selon les études, il pourrait y avoir des formes moins sévères chez les sujets tabagiques actifs. Il ne s’agit que d’une suposition pour l’instant car ces différences sont rerouvés dans des sous-groupes d’échantillon ne nous permettant pas de conclure que le tabac ou la nicotine sont des facteurs protecteurs de la maladie. Des études spécifiques sont nécessaires avant toute déclaration.

Les formes particulières du COVID :

  • Deux types d’évolution fatale existent :
    • en 24 h avec 15 % des décès.
    • en 13 jours.
  • La thrombophilie avec embolie pulmonaire comme facteur aggravant principal
  • Le SDRA avec difficultés de ventilation traité par fortes pressions de ventilation et décubitus ventral.

Diagnostic de la maladie

  • Réalisation d’un frottis naso-pharyngé avec la RT-PCR présentant une sensibilité (capacité à repérer le virus en très petite quantité) de 98% et une spécificité (capacité à définir qu’il s’agit de Sars-cov-2) de 95%.
  • Réalisation d’un frottis naso-pharyngé avec le test antigénique présentant une sensibilité de 80% et une spécificité 99%.
  • Le scanner pulmonaire avec une sensibilité de 97%.

En cas de positivité du patient :

L’hospitalisation du patient est nécessaire en cas d’insuffisance respiratoire ou chez les  patients présentant des facteurs de risque avec possible aggravation clinique rapide.

Pour les autres, un confinement obligatoire est mise en place permettant un désengorgement des lits d’hospitalisation et de réanimation.

La levée de la mise en isolement est possible lorsqu’on note :

  • Une amélioration clinique sur le plan respiratoire,
  • L’absence de fièvre sans prise d’antipyrétique,
  • 2 RTPCR négatives à 24 heures d’intervalle.

Les différentes stratégies thérapeutiques contre la COVID19

A ce jour, aucun traitement n’est validé pour le COVID19.

Les modes d’action et pistes thérapeutiques :

Coronavirus : schemas des traitement

Pour rentrer dans les cellules, le virus va s’attacher à nos cellules par l’intermédiaire de ses « spikes » (crochets) qu’il va accrocher aux récepteurs de nos cellules appelés ACE2. Avant que la fixation ne se produise, il faut que les spikes soient « activés » par une protéase qui s’appelle TMPRSS2.

La stratégie antivirale consiste à :

  • Bloquer les spikes par des anticorps qui se trouvent dans le plasma de personnes guéries du Covid-19.  
  • Bloquer l’activité de l’enzyme chargée d’activer le spike,  le mésylate de Camostat
  • L’endocytose bloquée par la Chloroquine : Le virus entre dans la cellule via une vacuole qui se désagrège lors de l’entrée dans la cellule par variation de ph. La chloroquine empêche cette variation mais cela nécessite de forte dose de médicament pouvant entrainer plusieurs effets indésirables
  • Inhibition de la protéase responsable du découpage des protéines virales. Il s’agit de l’association « Lopinavir-ritonavir » (Kaletra) déjà utilisé dans la lutte contre le VIH, le lopinavir inhibe la protéase tandis que le ritonavir protège le lopinavir d’une dégradation trop rapide. 

Le Remdesivir : inhibition de l’ARN polymérase responsable de la traduction moléculaire : production de protéines via l’ARNm.

Blocage du relargage cytokiniques via des Anticorps monoclonaux inhibiteur de IL6 ou inhibiteurs de la protéine JAK.

Début janvier, deux vaccins ont reçu le feu vert de l’Agence du médicament européen et français : le vaccin Pfizer/BioNTech et le vaccin Moderna. La campagne de vaccination a commencé le 27 décembre en France auprès des résidents des Ehpad.

Comment se protéger et protéger les autres ?

Mesures de protection : les gestes barrières

infographie des gestes barrières

Les mesures de limitation de la propagation du virus sont caractérisés par :

  • La limitation des déplacements.
  • Le respect des gestes barrières : se laver les mains avec une solution hydro-alcoolique ou un savon doux toutes les 10 min.
  • Le port du masque généralisé avec une éducation sur les gestes de bonnes pratiques.

La situation au 1er janvier 2021

  • Sont fermés :
  • Les cafés, bars et restaurants sauf pour leurs activités de livraison et de vente à emporter,
  • Les centres culturels : les cinémas ; les théâtres ; les grands musées et salles d’expositions ; les salles de concerts et salles polyvalentes ; les foires et expositions, les discothèques.
  • Les cirques, les parcs zoologiques ou encore les salles de jeux et les casinos sont fermés au public.
  • Les lieux et activités sportives : les piscines, les établissements sportifs couverts ; les salles de sport sont fermés pour les adultes. Les activités sportives ou extrascolaires pour les mineurs ont reprises depuis le 15 décembre 2020 y compris dans les lieux clos. Les sportifs professionnels peuvent également accéder aux équipements et lieux sportifs depuis le 15 décembre.
  • La pratique des sports en plein air est à nouveau possible à l’exception des sports collectifs.
  • Les stations de ski restent fermées jusqu’au 7 janvier 2021.

Obligation du port du masque dans les les lieux clos publics et les transports en commun.

Couvre-feu

Le couvre-feu a été instauré le 15 décembre 2020 suite à la fin du deuxième confinement. Ce couvre-feu commence dès 20h et jusqu’à 6h avec des conditions de déplacement limitées sur tout le territoire sauf en Outre-mer.

À compter du 2 janvier 2021, le couvre-feu est avancé à 18h dans 15 départements : Hautes-Alpes (05), Alpes-Maritimes (06), Ardennes (08), Doubs (25), Jura (39), Marne (51), Haute-Marne (52), Meurthe-et-Moselle (54), Meuse (55), Moselle (57), Nièvre (58), Haute-Saône (70), Saône-et-Loire (71), Vosges (88), Territoire de Belfort (90).


Pendant ce couvre-feu, seuls certains déplacements seront possibles, à condition de se munir d’une attestation notamment :
– se rendre ou revenir de son lieu de travail, à une formation professionnelle, effectuer un déplacement professionnel ne pouvant être reporté ;
– des motifs familiaux impérieux, pour l’assistance aux personnes vulnérables et précaires, notamment aux personnes en situation de handicap ou pour la garde d’enfants ;
– des motifs médicaux : aller à l’hôpital, examens et soins ne pouvant être assurés à distance et achat de médicaments ;
– participer à des missions d’intérêt général sur demande de l’autorité administrative (maraudes des associations de lutte contre la pauvreté ou distributions d’aides alimentaires à domicile) ;
– les personnes en situation de handicap et leur accompagnant ;
– promener un animal domestique autour de son domicile dans un rayon d’1 km.

Conclusion

En 2021, nous devons faire face à une pandémie se manifestant par une maladie potentiellement grave avec des variations géographiques, génétique de la population, climatologique.

Le devenir épidémiologique est une grande équation à plusieurs inconnues en particulier sur les variants du virus. Deux ont déjà été repérés en décembre 2020 – le variant britannique – et en janvier 2021, le variant sud-africain.

Le mode de vie de la population mondiale risque d’être impacté à long terme, une crise sans précèdent de notre économie et des normes d’hygiène omniprésentes dans notre quotidien.

Ressources scientifiques utilisées comme base de données :