Coronavirus

Coronavirus

Comprendre le Coronavirus

En Décembre 2019 un nouveau CORONAVIRUS a été découvert dans la région de Wuhan en CHINE.

L’essentiel à savoir sur le Covid-19

On retrouve 3 types de CORONAVIRUS :

  • SARS 2003 : Severe Acute Respiratory Syndrome transmis à partir de la chauve souris puis la civette et l’homme avec 9,6% de Décès dans le monde.
  • MERS en 2012 : Middle-est Coronavirs Syndrome  transmis de la chauve souris puis du dromadaire puis à l’homme : 34% de mort.
  • COVID 19 : transmis de la chauve souris au pangolin puis à l’homme :4,7% de décès.

Un point sur l’origine épidémiologique mondial : d’où vient-il ?

Après une flambée en Chine au début d’année 2020, la situation épidémique a évolué avec l’intensification de nouveaux foyers en Corée du Sud, au Japon, et à Singapour, en Iran et en Italie. Dans ces pays, on assiste alors à une diffusion communautaire, sans lien identifié avec des cas importés de Chine.

A partir du 10 mars 2020, tous les pays de l’Union européenne sont désormais touchés par le Covid-19. Elle sera qualifiée de PANDEMIE à partir 11 mars.

Le 14 mars 2020, à minuit, la France entre en « stade 3 » d’épidémie active sur le territoire avec la mise en place d’un dispositif de confinement de la population pour réduire à leur plus strict minimum les contacts et les déplacements. Les magasins alimentaires, pharmacies, banques, bureaux de tabac, stations-essence restent ouverts et achalandés.

Le 16 mars 2020, l’OMS dénombre presqu’autant de cas en Chine qu’hors de Chine : 165 515 cas confirmés dans le monde, dont 81 077 en Chine et 86 438 hors de Chine (dans 143 pays différents). Et 3 218 décès en Chine et 3 388 hors de Chine. 

Le 7 avril 2020, la Chine enregistre pour la première fois zéro décès sur 24 heures (source OMS).  Près de 11 millions de Wuhanais et de visiteurs étaient confinés dans l’épicentre de l’épidémie due au coronavirus depuis soixante-seize jours.

Le 17 avril, en Chine, le nombre de décès attribués au Covid-19 grimpe de près de 50 %, passant de 2 579 à 3 869. Les autorités chinoises évoquent des problèmes de remontées d’informations et aussi des malades parfois non testés ou non pris en charge par les hôpitaux avant le 20 février.

Le 04 mai 2020, selon l’OMS, on dénombre 3 435 894 cas confirmés de Covid-19, et 239 604 décès. En France, selon l’agence nationale Santé publique France**, on dénombre 131 863 cas confirmés de Covid-19, 25 548 personnes actuellement hospitalisées dont 3 696 en réanimation, et 25 201 décès.

De quoi s’agit-il ?

Physiopathologie

Le mécanisme principal se caractérise par une fixation du virus au niveau des alvéoles. Le pathogène attaque préférentiellement les pneumocytes de type 2 via l’Enzyme de conversion (ECA).

L’entrée dans le pneumocyte (cellule cible) entraine la fixation à l’ADN viral à celui son hôte entrainant la production de nouvelles protéines du COVID qui vont s’accumuler dans la cellule et la faire exploser.

Ceci entraine la libération de cytokinique après destruction cellulaire avec création d’une réaction inflammatoire. Les médiateurs inflammatoires vont venir endommager l’endothélium pulmonaire entrainant l’afflux d’eau à l’intérieur du poumon : un oedeme pulmonaire est créé.

Cet oedeme est la cause de collapsus alvéolaire et par conséquent, de la diminution des échanges alvéolaires traduit par une dyspnée. La réaction inflammatoire peut atteindre plusieurs organes vitaux : le cœur, le foie, les reins. Ceci permet une généralisation de l’infection avec l’apparition d’un sepsis voir d’un choc septique.

Le sepsis se caractérise par une réponse inappropriée de l’hôte envers une infection entraînant une dysfonction d’organes. Il est retenu si le score SOFA (Sepsis-related Organ Failure Assesment) atteint 2. Chaque atteinte d’organe fait gagner un point au score.

Le score SOFA repose sur des paramètres cliniques et biologiques explorant les fonctions rénale, respiratoire, neurologique, cardiovasculaire et hépatique, et l’hémostase.

Les détails cliniques de la maladie

La transmission s’effectue par « transmission gouttelettes », pouvant être aérosolisées d’où la nécessité du port d’un masque FFP2 en cas de geste médical sur un patient COVID positif ou lorsqu’un patient est sous appareil respiratoire.

L’incubation est en moyenne de 5,2 jours.

Classification de la sévérité :

  1. 81% : asymptomatique ou légère pneumonie
  2. 14% dyspnée hypoxie
  3. 5% critique
  4. 2à 3 % sont décédés.

Il est difficile de calculer le taux de létalité car aujourd’hui le dénominateur ne peut être calculé. Ce nombre reste approximatif.

Schéma expliquant l’évolution de la contamination au COVID 19 selon les régions depuis décembre 2019.

Les signes cliniques :

  • Fièvre 89 % des cas
  • Toux 68 % des cas
  • Fatigue 38 % des cas
  • Dyspnée 19 % des cas
  • Arthromyalgies 15 %
  • Odynophagie 14 %
  • Céphalées 14 %
  • Diarrhées, douleurs abdominales 10 %

L’un des signes les plus fréquents est marqué par l’Anosmie, présent dans 30 à 70% des patients selon les études. Il précède les autres symptômes dans 15% des cas.

Des lésions urticariennes, chez les patients COVID + sont observés par les dermatologues en consultation dans des échantillons de patients non hospitalisés. Un biais de sélection est noté. Les patients ne sont pas contrôlés systématiquement et peuvent être des faux négatifs. En d’autres termes, les patients peuvent se dire infectés par le virus sans pour autant avoir été contrôlés. Ceci peut fausser les statistiques.

Diagnostics différentiels :

Des diagnostics différentiels doivent être éliminés : la dengue et la leptospirose et surtout les pneumopathie pouvant présenter des symptômes en commun.

Les facteurs de risque :

  • Obésité +++
  • Maladie cardiovasculaire.
  • Pathologie pulmonaire parenchymateuse.
  • Diabète déséquilibré.
  • Comorbidités multiples.

Selon les études, il pourrait y avoir des formes moins sévères chez les sujets tabagiques actifs. Il ne s’agit que d’une suposition pour l’instant car ces différences sont rerouvés dans des sous-groupes d’échantillon ne nous permettant pas de conclure que le tabac ou la nicotine sont des facteurs protecteurs de la maladie. Des études spécifiques sont nécessaires avant toute déclaration.

Les formes particulières du COVID :

  • Deux types d’évolution fatale existent :
    • en 24 h avec 15 % des décès.
    • en 13 jours.
  • La thrombophilie avec embolie pulmonaire comme facteur aggravant principal
  • Le SDRA avec difficultés de ventilation traité par fortes pressions de ventilation et décubitus ventral.

Diagnostic de la maladie

– Réalisation d’un frottis naso-pharyngé avec la RT-PCR présentant une sensibilité de 60/70%  et une spécificité 95%.

– Le scanner pulmonaire avec une sensibilité de 97%, idéal pour éliminer ce diagnostic.

En cas de positivité du patient :

L’hospitalisation du patient est nécessaire en cas d’insuffisance respiratoire ou chez les  patients présentant des facteurs de risque avec possible aggravation clinique rapide.

Pour les autres, un confinement obligatoire est mise en place permettant un désengorgement des lits d’hospitalisation et de réanimation.

La levée de la mise en isolement est possible lorsqu’on note :

  • Une amélioration clinique sur le plan respiratoire,
  • L’absence de fièvre sans prise d’antipyrétique,
  • 2 RTPCR négatives à 24 heures d’intervalle.

Les différentes stratégies thérapeutiques contre le COVID19

A ce jour, aucun traitement n’est validé pour le COVID19 mais pas moins de 645 essais cliniques sont en cours.

Les modes d’action et pistes thérapeutiques :

Pour rentrer dans les cellules, le virus va s’attacher à nos cellules par l’intermédiaire de ses « spikes » (crochets) qu’il va accrocher aux récepteurs de nos cellules appelés ACE2. Avant que la fixation ne se produise, il faut que les spikes soient « activés » par une protéase qui s’appelle TMPRSS2.

La stratégie antivirale consiste à :

  • Bloquer les spikes par des anticorps qui se trouvent dans le plasma de personnes guéries du Covid-19.  
  • Bloquer l’activité de l’enzyme chargée d’activer le spike,  le mésylate de Camostat
  • L’endocytose bloquée par la Chloroquine : Le virus entre dans la cellule via une vacuole qui se désagrège lors de l’entrée dans la cellule par variation de ph. La chloroquine empêche cette variation mais cela nécessite de forte dose de médicament pouvant entrainer plusieurs effets indésirables
  • Inhibition de la protéase responsable du découpage des protéines virales. Il s’agit de l’association « Lopinavir-ritonavir » (Kaletra) déjà utilisé dans la lutte contre le VIH, le lopinavir inhibe la protéase tandis que le ritonavir protège le lopinavir d’une dégradation trop rapide. 

Le Remdesivir : inhibition de l’ARN polymérase responsable de la traduction moléculaire : production de protéines via l’ARNm.

Blocage du relargage cytokiniques via des Anticorps monoclonaux inhibiteur de IL6 ou inhibiteurs de la protéine JAK.

Comment se protéger et protéger les autres ?

Mesures de protection : les gestes barrières

Les mesures de limitation de la propagation du virus sont caractérisés par :

  • La limitation des déplacements.
  • Le respect des gestes barrières : se laver les mains avec une solution hydro-alcoolique ou un savon doux toutes les 10 min.
  • Le port du masque généralisé avec une éducation sur les gestes de bonnes pratiques.

Le déconfinement en pratique

Les stratégies de déconfinement  en France  : 

Avant toutes choses, il est à noter que 35 départements restent confinés. L’île de France et le nord-est du territoire français correspondent à cette zone « rouge ». Un seul département d’Outre mer est également concerné par ses restrictions. Il s’agit de Mayotte. 

Pour les autres, classées en zone « verte » correspondant aux régions présentant une circulation faible du virus : Plusieurs informations sont mis en ligne sur service-public.fr afin de nous guider. 

A propos des établissements scolaires : 

Les crèches réouvrent à partir du 11 mai. 

L’accueil des enfants des familles monoparentales, des soignants, des professeurs et des parents dans l’impossibilité d’être en télétravail est privilégié.

Une réouverture des établissements scolaires différenciée à partir du 11 mai

La réouverture des écoles maternelles et élémentaires sera progressive à partir du 11 mai, partout en France, et sur la base du volontariat. Les classes doivent accueillir 15 élèves au maximum. En cas de refus, une instauration de suivi à distance sera installée par l’Education nationale du fait de l’obligation d’instruction. 

À partir du 18 mai, uniquement dans les départements situés en zone verte, les collèges pourront accueillir les élèves de 6e et de 5e, seulement en zone verte. Les collèges situés en zone rouge ne rouvriront pas à cette date.

Fin mai, il sera décidé si les collégiens de 4e et de 3e pourront rentrer et si les lycées pourront rouvrir début juin.  

En ce qui concerne le port du masque : 

Tous les personnels des établissements scolaires doivent porter des masques qui leur seront fournis.

À la maternelle, le port du masque est à proscrire pour les enfants.

Dans les écoles élémentaires, le masque n’est pas recommandé pour les élèves, compte tenu des risques de mauvais usage. Toutefois, un enfant qui présente des symptômes liés au coronavirus doit porter un masque de protection jusqu’à sa prise en charge hors de l’école.

Dans les collèges, le port du masque est obligatoire pour les collégiens.  

Le maintien de la distanciation physique fait également partie des impératifs à respecter avec une distance minimal de 1 mètre à respecter, ainsi que le maintien des gestes barrières.

Établissements et lieux ouverts à partir du 11 mai

  • Tous les commerces y compris les salons de coiffure et les instituts esthétiques, à l’exception des cafés, restaurants et des centres commerciaux de plus de 40 000 m² (fermés en Île-de-France et ouverts uniquement sur décision du préfet de région dans les autres régions) 
  • Les parcs et jardins situés dans les départements en zone verte
  • Les médiathèques et bibliothèques ;
  • Les petits musées locaux ;
  • Les cimetières.

Les lieux de cultes ont une possibilité d’ouverture grâce à une demande du Conseil d’Etat qui milite pour une dérogation. 

Les établissements qui resteront fermés :

  • Les centres commerciaux de plus de 40 000 m² en Île-de-France ; les cafés, bars et restaurants sauf pour leurs activités de livraison et de vente à emporter,
  •  Les centres culturels : Les cinémas ; Les théâtres ; Les grands musées et salles d’expositions ; Les salles de concerts et salles polyvalentes ; les foires et expositions, les discothèques.
  • Les piscines et les établissements sportifs couverts ;
  • Les parcs et jardins dans les départements situés en zone rouge   ;
  • Les plages, plans d’eau et lacs.

Rassemblements, réunions et activités sportives

Les rassemblements, réunions ou activités, autres que professionnels, de plus de 10 personnes sont interdits dans des lieux publics ou sur la voie publique. Ils sont autorisés dans les lieux privés mais doivent être organisés de façon à ce que les règles sanitaires de distanciation physique puissent être respectées.

La pratique des sports en plein air est à nouveau possible à l’exception des sports collectifs.

En ce qui concerne les transports :
Les déplacements sans attestation limités à 100 km du domicile Ils nécessitent quant à eux une attestation qui est exigée lorsque le déplacement conduit à la fois à sortir d’un périmètre de 100 km autour du lieu de résidence et du département.

Cette attestation n’est pas nécessaire pour un déplacement de plus de 100 km effectué dans son département de résidence, ni pour les déplacements en dehors du département de résidence dans la limite des 100 km.
Transports collectifs

L’offre de transport et la capacité d’accueil restent réduites afin de respecter la distanciation physique. En Île-de-France, il vous faudra par ailleurs vous munir d’une attestation pour vous déplacer en transports publics entre 6h30 et 9h30 ou entre

Une plateforme téléphonique a été instauré permettant d’obtenir des informations 24H/24 à ce numéro: 0800 130 000 (appel gratuit).

Mise en place du déconfinement avec exemple de l’île de la REUNION

Projection des cas COVID suite à la fermeture de la limitation des vols entrant.

La fermeture de l’aéroport a permis de juguler l’épidémie avec l’apparition d’un plateau après moins d’un mois de confinement. 

Exposition des stratégies nécessaires à mettre en place pour un contrôle optimal des cas à leur entrée sur le territoire.

D’autres méthodes sont également mise en place pour limiter au maximum la circulation du virus :

  • Obligation du port du masque dans les transports en commun
  • Non ouverture des aéroports pour les vols non-essentiels jusqu’au mois de juin
  • Les lieux culturels (musée, cinéma…) restent pour l’instant fermés
  • Restauration exclusivement à emporter.

Conclusion

En 2020, nous devons faire face à une pandémie se manifestant par une maladie potentiellement grave avec des variations géographiques, Génétique de la population, Climatologique.

Le devenir épidémiologique est une grande équation à plusieurs inconnues en particulier sur les modalités de dépistage à l’arrivée dans les aéroports et le suivi des voyageurs faux négatifs nécessitant un nouveau test. 

Le mode de vie de la population mondiale risque d’être impacté à long terme, une crise sans précèdent de notre économie et des normes d’hygiène omniprésentes dans notre quotidien.

Ressources scientifiques utilisées comme base de données :